La producción orquestal de Juan-Alfonso cuenta con obras para orquesta de cuerda, versiones orquestales de su música para órgano y obras sinfónico-corales, alguna con la presencia de una voz solista.
Las obras más representativas son: Cinco piezas líricas (1989), para orquesta de cuerda, que consta de cinco movimientos (( I.Matutina, II.Pastoral, III Litúgica, IV Meditativa, V. Vespertina); Tríptico (1990), para orquesta de cuerdas; Cuatro saetas (1997), versión orquestal de las Saetas para órgano de Eduardo Torres; Epiclesis-II (1998), para orquesta; Epitafio a Manuel Castillo (2006), para orquesta sinfónica; De profundis (2005), para orquesta (sin percusión) y soprano; Contrapunto (2002), para orquesta de cuerdas.
