La obra camerística de Juan-Alfonso estará protagonizada por el género del cuarteto de cuerda con su Cuarteto de Cuerda (2007) e Incrustaciones (2015), para cuarteto de cuerda y órgano positivo, aunque existe también Campanas para Federico (1974), compuesta para soprano, doble cuarteto de voces masculinas y dos pianos sobre poema de Rafael Guillén.
Cuarteto de Cuerda fue la primera incursión del compositor en el género del cuarteto de cuerda, fue compuesto por encargo del Festival Internacional de Música de Santander en 2007.

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